Descrizione
Il museo sorge presso il Capo Schisò e l'attuale porto di Giardini Naxos, ai margini dell'area archeologica dell'antica città di Naxos, alla quale, si accede anche dagli spazi limitrofi al museo, grazie all'apertura di un percorso di visita, che, ricalcando in parte il tracciato di un importante asse stradale del V sec. a. C., conduce sino al versante occidentale delle mura.
La sede museale si articola in tre corpi di fabbrica due dei quali destinati all'esposizione. L'edificio.